تقدم الوزارة خدماتها من خلال منظومة إدارية وفنية تم إقرارها في الهيكل التنظيمي، والذي يحدد القطاعات الصحية واختصاصاتها والإدارات والأقسام المتفرعة منها.
وتقوم الوزارة حالياً بمراجعة هذا الهيكل التنظيمي وإعادة تشكيل وتوزيع الإدارات على القطاعات المختلفة حتى تواكب التطورات المتلاحقة التي تشهدها الخدمات الصحية بالدولة.
كما قامت وزارة الصحة بوضع الهيكل التنظيمي للمناطق الطبية الذي حدد التوزيع الإداري والفني للخدمات الصحية واختصاصات ومهام الكادر البشري والأقسام والوحدات والشعب التابعة لكل منطقة.